本情報工学専攻（博士前期課程）/電子情報工学専攻（博士後期課程）の特色は、情報工学分野における多彩で充実した教育スタッフと、研究アクティビティの高さにあります。最近では、人と調和する真に豊かな情報環境の実現を目指して、多数の研究室が共同して知的情報空間プロジェクトを推進しています。企業や公的機関との共同研究も活発に実施されています。
大学院生の皆さんは、それぞれの研究室におけるきめ細かな指導のもと、充実した研究環境を最大限に活用し、自らの研究に没頭することができます。学生の皆さんの活発な国内外での学会発表や論文投稿は本専攻の特色の一つで、優秀な発表によって多くの賞を受賞しています。大学院修了者に対する社会的評価は高く、修了生の皆さんは研究、技術開発、システム構築など、さまざまな分野で活躍しています。
さらに、大学院教育プログラムのより一層の充実を目指し、研究活動を通した能力育成を中心とし高い評価を得ている情報工学専修に加えて、文部科学省科学技術振興調整費の支援を得て平成18年度にユビキタス＆ユニバーサル情報環境専修を前期課程に設置しました。情報工学専攻に入学する方は、いずれか希望する専修を選ぶことができます。
本専攻は、在職社会人の博士学位取得にも積極的に門戸を開いています。働きながら博士の学位取得を目指す方には、博士前期課程あるいは修士課程を修了していなくても、相応の実務経験があれば博士後期課程の入試を受験する資格を認定する制度があります。これまでにも、この制度を利用して学位を取得した方が大勢います。詳細は入試のページをご覧ください。
ここでは、情報工学に関連する部分に限って大学院の組織構成を説明します。大学院博士前期課程（修士号が得られる標準２年の課程）に入学する人は、下図の様に大学院工学府に設けられた情報工学専攻に入学します。専攻内には、情報工学専修とユビキタス＆ユニバーサル情報環境専修が設置されていて、いずれかを選択することになります。大学院博士後期課程（博士号が得られる標準３年の課程）に入学する人は、電子情報工学専攻知能・情報工学専修に入学することになります。
また、東京農工大学は、平成16年に大学院中心の研究大学として組織を再編成したため、教員は研究組織である大学院共生科学技術研究院先端情報科学部門に所属し、情報工学専攻/電子情報工学専攻所属の大学院生の皆さんの指導をおこなっています。選択可能な研究室に関しては、研究室紹介のページをご覧ください。
